Сеть взаимодействий микроРНК-мишень

Презентация защиты

Потанина_защита_влияние-MTS1338-на-макрофагальные-микроРНК.pdf

Названия скриптов

• "dwn_mirdb.ts" и "dwn_targetscan.ts" запускают скачивание таблиц с мишенями микроРНК с сайтов соответствующих баз данных мишеней

• "csv-to-sql_***.ts" создают таблицы PSQL из скачанных таблиц с мишенями в формате CSV

• "join-loop_***.ts" делают inner join таблиц с мишенями с таблицами ДЭ генов

• "joined_dbs.ts" делает inner join таблиц из предыдущего пункта для получения только тех мишеней, которые есть в обеих базах даннных

• "export-loop_***.ts" экспортирует таблицы PSQL в CSV

• "csv-remove-column.ts" подготавливает CSV таблицу для импорта в Cytoscape (три разные таблицы для mf_wt, mf_d1338 и wt_d1338)

  Примечание: скачанные с сайтов таблицы подвергались удалению лишних столбцов и специфических символов.

Запуск скриптов

npm install
node --require ts-node/register scripts/scriptName.ts

Заметки по PSQL

https://gist.github.com/daryapotanina/b07fb32c8b6a4a858c23336200ca766d

Запуск PSQL локально, обращение к базе данных

dropbd *** // удаление существующей базы данных
createdb *** // создание новой базы даннных
psql -d *** // подключение к базе
\d // показать список таблиц
\q // выход

Критерии отбора достоверных мишеней

miRDB: target_score >=80 TargetScan: cumulative weighted context++ scores (cumulative_weighted_context_score) ≤ − 0.4